作成者別アーカイブ: PSRS

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに

腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。直訳すると”希薄化”。その概念をなかなか理解するのが難しかったのですが、がんばってまとめてみます。 続きを読む

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに

何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解するのが難しいと思います。

日本語で得られる情報も多くはなく、僕も初めて勉強した時はかなり苦労しました。ですので、ちょっと自分のメモをまとめてシェアできたらと思います。誰かに教えてもらった正確な知識ではないため、間違っていたらコメントなどいただけると嬉しいです。 続きを読む

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

コホート内ケースコントロール研究 ( 2 ) コントロール群の抽出法

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

コホート内ケースコントロール研究 ( 2 ) コントロール群の抽出法

コホート内ケースコントロール研究 ( 1 ) コホート内ケースコントロール研究とは?

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

ELISAの測定結果をRで計算する ( 3 ) 回帰式を使って濃度を求める

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

ELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める]

ELISAの測定結果をRで計算する ( 2 ) 4パラメーターロジスティック曲線を描く

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

ELISAの測定結果をRで計算する 2. 4パラメーターロジスティック回帰で吸光度から濃度を求める]

ELISAの測定結果をRで計算する ( 1 ) 4パラメーターロジスティック曲線とは

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

ELISAの測定結果をRで計算する 1. 4パラメーターロジスティック曲線とは

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、
続きを読む