カテゴリー別アーカイブ: Bioinformatcs

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに

腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。直訳すると”希薄化”。その概念をなかなか理解するのが難しかったのですが、がんばってまとめてみます。 続きを読む

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに

何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解するのが難しいと思います。

日本語で得られる情報も多くはなく、僕も初めて勉強した時はかなり苦労しました。ですので、ちょっと自分のメモをまとめてシェアできたらと思います。誰かに教えてもらった正確な知識ではないため、間違っていたらコメントなどいただけると嬉しいです。 続きを読む

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪しいソフトは、と内心バカにしていたのだが ( スミマセン ) どうやら泣く子も黙るSASの別バージョン ( ? ) らしい。

先日、共同研究先の先生から、jmpファイルで被験者情報のファイルをいただいたのだが、手元にRしか存在しないため上手く読み込めなくて悪戦苦闘してしまった。Excelに変換してもらう、というオチになってしまったが、その奮闘記を何かの役に立てればと思い書いてみる。 続きを読む

コホート内ケースコントロール研究 ( 1 ) コホート内ケースコントロール研究とは?

現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向きコホート研究で集めた検体や被験者の中から、一部を抽出して解析する方法です。その概要と実際の被験者の抽出方法をまとめたので書いていきたいと思います。 続きを読む

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、
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予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析では、その名の通りどんな菌の違いがあるのか?というところまでしかわかりませんので、腸内細菌の機能にまで踏み込んでいけます。

通常はメタゲノムデータ、つまり糞便中の全細菌の全DNAの配列を全て読んだ膨大なシーケンスデータを使って解析をしますが、PICRUStを用いれば、16S rRNA解析の結果をゲノムデータベースにマッチングさせて遺伝子を予測することができます。

このエントリではHUMAnNを行うための準備を行います。結構、大変でした。
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