カテゴリー別アーカイブ: Bioinformatcs

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに

腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。直訳すると”希薄化”。その概念をなかなか理解するのが難しかったのですが、がんばってまとめてみます。 続きを読む

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 1 ) 多様性

はじめに

何かと話題に事欠かない腸内細菌の研究と糞便移植。興味を持っている臨床医もたくさんいると思いますが、特に腸内細菌叢の次世代シーケンサーを使用した研究は、それまで見たことのない図表も多く、また生態学の知識も要求されるため、なかなか理解するのが難しいと思います。

日本語で得られる情報も多くはなく、僕も初めて勉強した時はかなり苦労しました。ですので、ちょっと自分のメモをまとめてシェアできたらと思います。誰かに教えてもらった正確な知識ではないため、間違っていたらコメントなどいただけると嬉しいです。 続きを読む

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

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コホート内ケースコントロール研究 ( 2 ) コントロール群の抽出法

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コホート内ケースコントロール研究 ( 2 ) コントロール群の抽出法

コホート内ケースコントロール研究 ( 1 ) コホート内ケースコントロール研究とは?

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コホート内ケースコントロール研究: 1. コホート内ケースコントロール研究とは?

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、
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予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析では、その名の通りどんな菌の違いがあるのか?というところまでしかわかりませんので、腸内細菌の機能にまで踏み込んでいけます。

通常はメタゲノムデータ、つまり糞便中の全細菌の全DNAの配列を全て読んだ膨大なシーケンスデータを使って解析をしますが、PICRUStを用いれば、16S rRNA解析の結果をゲノムデータベースにマッチングさせて遺伝子を予測することができます。

このエントリではHUMAnNを行うための準備を行います。結構、大変でした。
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