カテゴリー別アーカイブ: R

腸内細菌の論文が読める様になりたい臨床医へ ( 2 ) レアファクション解析

はじめに

腸内細菌の論文を読み、多様性の話が出てくる時に避けて通れないのがレアファクション解析 ( Rarefaction解析 )。図表にしれっとグラフが登場するのに、material and methodsをきちんと読まないとあまり詳しく書かれていないレアファクション解析。直訳すると”希薄化”。その概念をなかなか理解するのが難しかったのですが、がんばってまとめてみます。 続きを読む

JMPファイルを何とかRに取り込もうとする…も撃沈する

少し前から大学病院でJMP ( ジャンプ ) という統計ソフトの包括ライセンス契約を結んでいるらしく、JMPを使って解析をしたという話をよく聞くようになった。どうやら初学者にも使いやすくて好評らしい。聞いたことなかったので、なんだその怪しいソフトは、と内心バカにしていたのだが ( スミマセン ) どうやら泣く子も黙るSASの別バージョン ( ? ) らしい。

先日、共同研究先の先生から、jmpファイルで被験者情報のファイルをいただいたのだが、手元にRしか存在しないため上手く読み込めなくて悪戦苦闘してしまった。Excelに変換してもらう、というオチになってしまったが、その奮闘記を何かの役に立てればと思い書いてみる。 続きを読む

コホート内ケースコントロール研究 ( 1 ) コホート内ケースコントロール研究とは?

現在、私が関わっているプロジェクトでコホート内ケースコントロール研究を行うことになりました。というのも、腸内細菌叢や糞便中代謝物を測定するのには非常にお金がかかるので、集めた全検体を調べると大変なことになります。ですので、前向きコホート研究で集めた検体や被験者の中から、一部を抽出して解析する方法です。その概要と実際の被験者の抽出方法をまとめたので書いていきたいと思います。 続きを読む

ELISAの測定結果をRで計算する ( 2 ) 4パラメーターロジスティック曲線を描く

それでは、4パラメーターロジスティック曲線を描いて、回帰式からELISAの値を算出していきましょう。Rっで4パラメーターロジスティック曲線を描く方法はいくつかあるようですが、drcパッケージを使用します。こちらのサイトを参考にさせていただきました。ちなみにラボで使用している解析ソフトが、SoftMax Proですので、それに合わせて話を進めさせてもらいます。 続きを読む

ELISAの測定結果をRで計算する ( 1 ) 4パラメーターロジスティック曲線とは

ELISAの測定結果を求める時に、検量線のR^2が0.9前後になってしまって、なかなかいい値が出なくて困っていた時がありました。そもそもELISAの検量線はどう回帰させれば良いのか、実験を始めた当初はよくわかっていなかったので、同じ様な疑問を持っている方の1つの解決策になればと思って記事を書きます。 続きを読む

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 続きを読む

Rでエラーバー付き折れ線グラフを書く ( 1 ) エラーバーとSDとSE

エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。あれがあると統計分かってる風に見えて格好いいのもありますが、統計学的には非常に大切なことです。 続きを読む

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間