月別アーカイブ: 2015年1月

WordPressでRやLinuxなどのソースコードを表示したい

RやLinuxのことをGoogle先生にお願いすることは頻繁にあると思いますが、よくソースコードの部分がグレイのハイライトなどで見やすく表示されていることが多いと思います。やってみたいと思って、やはりGoogle先生にお願いしたところ、以下のサイトに辿り着きました。
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炎症性腸疾患において腸炎を惹起する細菌はIgAのコーティングによって識別できる Cell

Cell. 2014 Aug 28;158(5):1000-10. doi: 10.1016/j.cell.2014.08.006.
Immunoglobulin A coating identifies colitogenic bacteria in inflammatory bowel disease.
Palm NW1, de Zoete MR2, Cullen TW3, Barry NA3, Stefanowski J1, Hao L4, Degnan PH3, Hu J5, Peter I5, Zhang W6, Ruggiero E6, Cho JH6, Goodman AL3, Flavell RA7.

Summary
・腸内細菌の中でも何種類かの細菌はマウスIBDモデルに強く影響を与えることが分かっている。
・しかしながらヒトにおいては、細菌叢がIBDの発症や重症度に影響しているかということを証明することは困難であった。

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メトロニダゾールの懸濁法

メトロニダゾール(フラジール®)は水に溶けにくい薬剤です。マウスに溶解させたメトロニダゾールを経口投与したかったのですが、なかなか難しそう。酢酸などでpHを調整すると溶解できるようですが、酢酸自体も腸内細菌に影響を与えてしまうため、なるべく水がいいということで調べてみました。
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細菌検体を急冷処理によってマイクロアレイのデータの信頼性は上昇する J Microbiol Methods.

J Microbiol Methods. 2006 Feb;64(2):207-16. Epub 2005 Jun 27.
Quenching of microbial samples for increased reliability of microarray data.
Pieterse B1, Jellema RH, van der Werf MJ.
糞便中のRNAをなるべく安定して抽出することは、metatranscriptomeを行う時の最大の課題でもあります。そんなことでたどり着きました。

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