月別アーカイブ: 2015年3月

菌叢解析結果の比較 ( 4 ) フリードマン検定

この記事ではバートレット検定でp<0.05で分散が等しくないと判定したBacteria.__Candidate_division_TM7について行います。検定はフリードマン検定で行い、friedman.test関数を使用します。データセットは以前の記事のものを使用します。

friedman.test(変数の列,要因1の列,要因2の列)で定義されます。他にも引数の書き方はいろいろあると思いますが、今回のような”縦長のデータ”のときは、この書き方が一番簡単だと思います。 続きを読む

菌叢解析結果の比較 ( 3 ) 二元配置分散分析

前回の記事で、バートレット検定でphylumごとのrelative abundanceの分散が等しいかどうかを判定しました。p>0.05で分散が等しいと判定したphylumであるBacteria;__Actinobacteriaについて行います。データは引き続き前回のものを使います。Rで二元配置分散分析を行うときはaov関数を使用します。 続きを読む

菌叢解析結果の比較 ( 1 ) 検定法はどれを選ぶか?

次世代シーケンサーで解析したmeta16Sの結果の統計学的処理をどうすればいいのか?ということについてまとめてみました。

5人から糞便サンプルを集めて、A-Eの5通りでDNAの抽出を行い、meta16Sをかけ抽出法の違いで細菌叢に差が出るか検討しました。話を簡便にするために、先ずはphylum levelでの比較を行うことにしました。統計処理はRを使用しています。 続きを読む