月別アーカイブ: 2015年10月

予測メタゲノム HUMAnN編 ( 3 ) HUMAnNを動かす

さて、準備が整ったのでHUMAnNを動かしてみましょう。結論から言うと、何度もエラーが起きて、なかなか解決できず骨が折れました。どうやらmacでのみいろいろとエラーが起きてしまう仕様の様です。最初に肝を書いておくと、
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予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析では、その名の通りどんな菌の違いがあるのか?というところまでしかわかりませんので、腸内細菌の機能にまで踏み込んでいけます。

通常はメタゲノムデータ、つまり糞便中の全細菌の全DNAの配列を全て読んだ膨大なシーケンスデータを使って解析をしますが、PICRUStを用いれば、16S rRNA解析の結果をゲノムデータベースにマッチングさせて遺伝子を予測することができます。

このエントリではHUMAnNを行うための準備を行います。結構、大変でした。
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γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症 Gasteroenterology

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients.

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