予測メタゲノム HUMAnN編 ( 2 ) sconsとblastxのインストール

HUMAnNを走らせるための準備として、sconsとblast+のインストール方法を書きます。

( 1 ) sconsのインストール
参考:ynumerator_blog

http://sourceforge.net/projects/scons/files/scons/2.4.0/
にアクセスして
scons-2.4.0.tar.gz
をダウンロード。ダブルクリックして解凍して好みの場所に置いておく。僕はアプリケーションの下にBioinformatics系のアプリをまとめるフォルダを作っています。

[splus]
#.ターミナルを開いて、解凍したファイルの場所まで行く
cd /Applications/Bioinformatics/scons-2.4.0

#.インストール:sudoコマンドなので、パスワードを要求される
sudo python setup.py install

#.sconsを実行
scons
[/splus]

sconsと入力して
-bash : scons : command not found
と表示されなければOKでし。表示されたら参考元を参考にして下さい。

( 2 ) blast+のインストール
参考:bioinformatics

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST
にアクセスする。パスワードを要求されるが、ゲストとしてアクセスしても大丈夫。ここから
ncbi-blast-2.2.31+-src.tar.gz
をダウンロードする。ダブルクリックして解凍し、好みの場所に置く。

[splus]
#.blast+のディレクトリに移る
cd /Applications/Bioinformatics/ncbi-blast-2.2.31+-src

#.コンパイル
./configure
make
[/splus]

( 3 ) PATHを通しておく
ここら辺はあまり詳しくないのですが、取り敢えず先輩から教わった方法を書いておきます。まず不可視ファイルが見えない状態ならば、見える様にしておきます。参考:Macの隠しファイルや隠しフォルダを表示する裏技

[splus]
defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles -boolean true
killall Finder
[/splus]

.bash_profileをテキストエディタで開いて下記の記述を加えて保存。.bash_profileは/Users/”ユーザー名”/.bash_profileにあります。

[splus]
#.scons
export PATH="/Applications/Bioinformatics/scons:$PATH"
#.blast+
export PATH="/Applications/Bioinformatics/ncbi-blast-2.2.31+-src:$PATH"
[/splus]

最後にターミナルで

[splus]
source /Users/"ユーザー名"/.bash_profile
[/splus]

としておく。これで準備は完了です。

Share on Facebook0Share on Google+0Share on Tumblr0Tweet about this on TwitterEmail this to someone

コメントを残す

メールアドレスが公開されることはありません。 * が付いている欄は必須項目です