予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析では、その名の通りどんな菌の違いがあるのか?というところまでしかわかりませんので、腸内細菌の機能にまで踏み込んでいけます。

通常はメタゲノムデータ、つまり糞便中の全細菌の全DNAの配列を全て読んだ膨大なシーケンスデータを使って解析をしますが、PICRUStを用いれば、16S rRNA解析の結果をゲノムデータベースにマッチングさせて遺伝子を予測することができます。

このエントリではHUMAnNを行うための準備を行います。結構、大変でした。
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γδ-T 細胞から産生されるIL-17と胆道閉鎖症 Gasteroenterology

Interleukin-17, Produced by γδ-T Cells, Contributes to Hepatic Inflammation in a Mouse Model of Biliary Atresiaand is Increased in Livers of Patients.

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肺分画症の血管走行

肺分画症を手術する際に最も重要なことは、血管の走行を可能な限り把握し、予期せぬ血管損傷のリスクを最小限に留めておくことと考えられます。しかしその血管走行は単純ではありません。先日、肺葉内肺分画症の血管走行に関して議論があり、復習してみました。 続きを読む

Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html

Office365での先行リリースということだったのですが、有難いことに大学院の学生および大学病院の職員は包括ライセンス契約により、無償で使うことができます。ということで、早速ダウンロードしてインストールしてみましたが、エラーが起きてなかなか使えず難渋しましたので、その解決策を共有したいと思います。 続きを読む

腸内細菌叢の成長:生後1000日の変遷

Pediatr Allergy Immunol. 2014 Aug;25(5):428-38. doi: 10.1111/pai.12232. Epub 2014 Jun 5.
The first thousand days – intestinal microbiology of early life: establishing a symbiosis.
Wopereis H1, Oozeer R, Knipping K, Belzer C, Knol J.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24899389

次世代シーケンサーの普及により腸内細菌叢の解析が進み、新生児期から乳児期を経て成人型に腸内細菌叢がどの様に変化し、免疫システムの構築、アレルギー疾患をはじめとした免疫システムの異常に伴う疾患との関係性をまとめたreviewです。この分野の知識を俯瞰するのに非常に良いオススメの論文です 続きを読む

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 続きを読む

Rでエラーバー付き折れ線グラフを書く ( 1 ) エラーバーとSDとSE

エラーバーについて書いていこうと思います。エラーバーとは何かというと、棒グラフや折れ線グラフについているエ字の棒です。あれがあると統計分かってる風に見えて格好いいのもありますが、統計学的には非常に大切なことです。 続きを読む

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間

こちらの記事ははてなブログに引越しました。現在、他の記事も順次ブログを移行中です。ご迷惑をおかけしますが、今後も引き続きよろしくお願い致します。下記リンク先からアクセスをお願い致します。

「さらば、p値」 p値とエフェクトサイズと信頼区間