予測メタゲノム HUMAnN編 ( 1 ) はじめに

HUMAnNとは、The HMP Unified Metabolic Analysis Networkの略で、メタゲノムデータを使って腸内細菌叢がどの代謝経路を有していて、またその遺伝子をどれくらい持っているのか?ということを明らかにするためのパイプラインです。16S rRNAを用いた菌叢解析では、その名の通りどんな菌の違いがあるのか?というところまでしかわかりませんので、腸内細菌の機能にまで踏み込んでいけます。

通常はメタゲノムデータ、つまり糞便中の全細菌の全DNAの配列を全て読んだ膨大なシーケンスデータを使って解析をしますが、PICRUStを用いれば、16S rRNA解析の結果をゲノムデータベースにマッチングさせて遺伝子を予測することができます。

このエントリではHUMAnNを行うための準備を行います。結構、大変でした。
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Office365のアカウント認証が上手くいかない

久しぶりの更新で、いろいろな記事が途切れ途切れになっていますが、これからも少しずつマイペースにやっていきます。さて、Macユーザー待望のOffice for Mac 2016がリリースされました。
http://www.itmedia.co.jp/news/articles/1507/10/news060.html

Office365での先行リリースということだったのですが、有難いことに大学院の学生および大学病院の職員は包括ライセンス契約により、無償で使うことができます。ということで、早速ダウンロードしてインストールしてみましたが、エラーが起きてなかなか使えず難渋しましたので、その解決策を共有したいと思います。 続きを読む

わからない単語を英辞郎で検索するショートカットキーを作成する

論文を読んでいてわからない単語が出てくると、みなさんどうしてますか?僕はMacのスクリーンで読むことがほとんどなので、三本指でタップすれば辞書.appが自動的に立ち上がってくれますが、専門用語だと載っていないことも多いです。 続きを読む